Las deficiencias en la supervisión fiscal durante la investigación preliminar permitieron graves violaciones de derechos humanos al convertir al fiscal en un mero testigo subordinado a las decisiones policiales.
El diputado Javier Diez Canseco denunció al General Noel ante el Ministerio Público por delitos de asesinato, secuestro y detenciones ilegales durante su gestión.
El 22 de agosto de 1984, líderes evangélicos de Huanta denunciaron el asesinato de miembros de su iglesia cometido por la Marina.
Ley 24700 de 1987 que estableció procedimientos de investigación preliminar y juzgamiento de delitos de terrorismo con participación del Ministerio Público.
La CVR establece evidencia de que el suboficial Fabio Javier Urquizo Ayma participó o tuvo conocimiento directo de ejecuciones arbitrarias cometidas por fuerzas del orden en Ayacucho durante 1991.
El Ejecutivo cesó a 133 magistrados distribuidos en distintos distritos judiciales, restringiendo el acceso a amparo mediante decretos leyes que consolidaron el control político del Poder Judicial.
La legislación antiterrorista de 1992 otorgó protagonismo a la Policía Nacional en investigaciones de terrorismo y limitó gravemente las funciones del Ministerio Público y la potestad jurisdiccional.
La Ley 25031 estableció un nuevo esquema legislativo antiterrorista que desplazó las atribuciones del Ministerio Público y amplió arbitrariamente las de la Policía en la investigación de delitos de terrorismo.
Análisis de cómo la nueva legislación antiterrorista promulgada tras el golpe de 1992 transformó el sistema de justicia penal en instrumento de la estrategia antisubversiva del gobierno.
Desaparición de un joven estudiante de economía de la Universidad del Callao en 1993, cuya investigación fue obstaculizada por el Poder Judicial y el Ministerio Público.
Mediante la Ley Nº 26623 de junio de 1996 se creó la Comisión Ejecutiva del Ministerio Público, integrada por el Fiscal de la Nación y los Fiscales de las Primera y Segunda Fiscalías Supremas en lo Penal.
Se propone crear la Comisión Nacional para Personas Desaparecidas por el conflicto armado interno (1980-2000) para coordinar investigaciones forenses y supervisar la identificación de víctimas.
