L'Université du Centre se retrouva prise dans un sanglant feu croisé entre groupes politiques de gauche, paramilitaires et forces de l'ordre, laissant un lourd bilan d'étudiants et de professeurs assassinés et disparus.
Se produjo la primera aparición pública de militantes armados del PCP-SL en el valle del Mantaro: cuatro militantes irrumpieron en el comedor universitario de la Universidad del Centro, y pidieron colaboración económica. Irrupciones de ese tipo se hicieron frecuentes en los años sucesivos en el campus universitario.
Des membres du Commando Rodrigo Franco ont vengé l'assassinat d'un camarade apriste en exécutant des étudiants de Sentier Lumineux à l'Université du Centre de Huancayo en 1987.
En juin 1991, le président Fujimori a visité l'Université du Centre du Pérou avec des ministres et des autorités militaires pour inspecter l'institution et prononcer un discours sur l'ordre universitaire.