En 1988, l'Église catholique a établi le Bureau des Droits de l'Homme de la Vicaria à Pucallpa pour traiter les plaintes pour violations aux droits humains et fournir un soutien psychosocial aux victimes de la violence politique en Ucayali.
El P. Franz Windischoffer, párroco de Huantar en Huari, fue atacado y torturado, y su casa fue incendiada. Este violento ataque contra el sacerdote forma parte de la escalada de violencia contra agentes pastorales de la Iglesia Católica. El objetivo era intimidar y expulsar a los religiosos de la zona.
Processus électoral de 1990 marqué par des campagnes noires contre le candidat Fujimori, des tensions religieuses et le deuxième tour des élections en juin.
La CVR documente l'assassinat de trois prêtres étrangers et de multiples religieux péruviens par des membres du PCP-SL entre 1987 et 1991.
La Commission de Pacification de la Région de San Martín a été créée le 20 avril 1991, impulsée par l'Église catholique et dirigée par le professeur Lincoln Rojas Salazar.
Documentation des attaques systématiques perpétrées par le Sentier Lumineux contre des institutions et des membres de l'Église Catholique au Pérou durant les années 1980 et au début des années 1990.
Après la capture d'Abimael Guzmán à Lima, le PCP Sentier lumineux a connu un déclin à Chumbivilcas tout en maintenant des actions sporadiques, tandis qu'à Puno son activité était croissante sans pour autant parvenir à contrôler le milieu rural.
La Conférence Épiscopale Péruvienne et divers évêques ont exprimé des positions divergentes sur la peine de mort lors du débat sur la nouvelle constitution en juin et juillet 1993.
Le 1er octobre 1999, Giulio Rocca, volontaire italien à la Prélature de Huari, a été assassiné à Jangas, près de Huaraz.
Des communautés entières d'Ayacucho, comme Huaychao et Accomarca, se sont converties à l'évangélisme en raison de l'absence de messes catholiques et des expériences religieuses offertes par les églises évangéliques.