Le Conseil de Guerre Permanent a classé sans suite l'affaire de sept civils décédés, arguant que la cause était le traumatisme encéphalocrânien et non des tirs d'arme à feu, malgré le fait que les inculpés aient reconnu les avoir tués avec une arme à feu.
Le 4 juillet 1991, une patrouille de l'Armée a assassiné quinze personnes à la mine « Misteriosa ».
Procédure judiciaire contre le sous-lieutenant Telmo Hurtado et la patrouille Lince 7 pour homicides qualifiés à Accomarca, avec condamnation réduite pour abus d'autorité.
Le Conseil de Guerre Permanent a condamné les militaires impliqués dans l'opération « Apolonia » à Rodeo Pampa, condamnant le Teniente Bendezú Vargas pour abus d'autorité et fausseté.
Cas de viol sexuel dénoncé contre Magdalena Monteza, dont le non-lieu a été confirmé par le Conseil Suprême de Justice Militaire en 1997 basé sur des examens médicaux que la CVR a jugés insuffisants.