Tuerie de Barrios Altos et controverse sur la compétence juridictionnelle
L'enquête judiciaire sur la tuerie de Barrios Altos a fait face aux refus des militaires de témoigner et à un différend de compétence entre la justice ordinaire et militaire, résolu par une loi d'amnistie en 1995.
La juge instructrice a identifié des véhicules appartenant au ministère de l'Intérieur et au Palais du Gouvernement signalés comme volés quelques jours avant, reliant les faits à des agents officiels. Les militaires dénoncés et officiers de haut rang se sont refusés à déclarer devant le ministère public et le Pouvoir Judiciaire, invoquant que l'enquête devait se faire devant la justice militaire. Le 28 avril 1995, le Conseil Suprême de Justice Militaire a soulevé un différend de compétence devant la Cour Suprême qui n'avait pas encore été résolu lorsque le Congrès Constituant Démocratique a approuvé, le 14 juin 1995, une loi d'amnistie générale pour les militaires et policiers impliqués dans les violations des droits de l'homme pendant la lutte contre le terrorisme depuis mai 1980.