La cocaïnisation du MRTA et les abus des miliciens dans le Huallaga
Le MRTA dans la région du Huallaga a prélevé des quotas sur le trafic de drogue et a commis des abus contre les civils, notamment des assassinats de personnes considérées comme « indésirables » et de paysans accusés d'appartenir à d'autres groupes.
Depuis 1989, les cadres locaux du MRTA prélevaient des quotas de 5 à 10 mille dollars pour chaque vol de petit avion transportant de la drogue, selon les témoignages d'anciens membres du MRTA. En 1990, un émissaire du Chef Politique Militaire du Front San Martín–Huánuco a proposé de coordonner ces actions avec l'Armée pour contrôler ses officiers. Au-delà de l'implication dans le trafic de drogue, le MRTA a commis des abus qui ont éloigné la population, notamment des assassinats de « personnes indésirables » telles que des voleurs, des toxicomanes, des prostituées et des homosexuels, ainsi que de paysans accusés d'appartenir à d'autres groupes ou de ses propres membres accusés d'être des traîtres.