Des enseignants du SUTEP à Ayacucho ont été victimes de détentions, de disparitions et de décès durant le conflit armé interne, ce qui a conduit le syndicat à déposer des plaintes devant les autorités nationales et internationales.
En 1991, plusieurs enseignants affiliés au Syndicat unique des travailleurs de l'éducation péruvienne ont disparu de force aux mains d'agents de l'État dans le cadre de la stratégie antisubversive.
En 1993, le Gouvernement du Pérou a ratifié la Convention n° 169 de l'OIT concernant les Peuples Indigènes et Tribaux, s'engageant à protéger les droits territoriaux et culturels des populations autochtones.