Control territorial del MRTA en la Amazonia peruana
El MRTA estableció destacamentos militares en múltiples zonas de la Amazonía entre 1987 y 1990, ejerciendo control mediante cobros coercitivos y extorsión a la población civil.
A partir de 1990, el MRTA modificó sus métodos de operación, pasando de pagar por los bienes que tomaba a realizar cobros forzados mediante "bonos" que representaban cuotas impuestas a la población. Los destacamentos militares del MRTA, liderados por comandantes como Wenceslao Saboya, Róger López y Alcides Reátegui, establecieron zonas de control en el Alto Mayo, Medio Mayo, Bajo Huallaga, Huallaga Central, Valle del Sisa, Yurimaguas, Caynarachi-Shanusi y Huayabamba. Mediante estas operaciones de extorsión y asaltos en carreteras, el MRTA recolectaba cuotas que afectaban severamente la economía de comerciantes y transportistas, generalizando la pobreza en las regiones bajo su influencia.