La Universidad del Centro quedó atrapada en un sangriento fuego cruzado entre grupos políticos de izquierda, paramilitares y fuerzas del orden, dejando una alta cifra de estudiantes y profesores asesinados y desaparecidos.
Se produjo la primera aparición pública de militantes armados del PCP-SL en el valle del Mantaro: cuatro militantes irrumpieron en el comedor universitario de la Universidad del Centro, y pidieron colaboración económica. Irrupciones de ese tipo se hicieron frecuentes en los años sucesivos en el campus universitario.
Miembros del Comando Rodrigo Franco vengaron el asesinato de un compañero aprista ejecutando estudiantes senderistas en la Universidad del Centro de Huancayo en 1987.
En junio de 1991, el presidente Fujimori visitó la Universidad del Centro del Perú con ministros y autoridades militares para inspeccionar la institución y pronunciar un discurso sobre el orden universitario.