La salida del PAP de la conducción de San Marcos en 1969 con la renuncia forzada de Luis Alberto Sánchez permitió que las corrientes de izquierda establecieran su hegemonía en la universidad.
En 1979, una alianza de Patria Roja, PCR y grupos de izquierda legal derrotó a los Antifascistas en un plebiscito sobre cogobierno estudiantil en San Marcos.
Antonio Cornejo Polar, reconocido profesor de Literatura, asume el rectorado de San Marcos en 1985 con apoyo de Izquierda Unida pero enfrenta dificultades políticas.
Durante los años ochenta, las universidades peruanas enfrentaron una profunda crisis política marcada por la confrontación entre la izquierda legal, el PCP-SL y la represión estatal.
En mayo de 1991, el gobierno de Fujimori estableció una base militar en San Marcos tras un incidente de protesta estudiantil, militarizando el campus con requisas e intervenciones en facultades.
La Dircote ejecutó la operación 'Hipócrates' el 26 de febrero de 1992 en la Asociación de Vivienda 2 de Agosto, capturando miembros de la célula de dirección de salud del PCP-SL.