En 1988, la Iglesia Católica estableció la Oficina de Derechos Humanos de la Vicaria en Pucallpa para atender denuncias de violaciones a derechos humanos y brindar apoyo psicosocial a víctimas de la violencia política en Ucayali.
El P. Franz Windischoffer, párroco de Huantar en Huari, fue atacado y torturado, y su casa fue incendiada. Este violento ataque contra el sacerdote forma parte de la escalada de violencia contra agentes pastorales de la Iglesia Católica. El objetivo era intimidar y expulsar a los religiosos de la zona.
Proceso electoral de 1990 marcado por campañas negras contra el candidato Fujimori, tensiones religiosas y la segunda vuelta electoral en junio.
La CVR documenta el asesinato de tres sacerdotes extranjeros y múltiples religiosos peruanos por miembros del PCP-SL entre 1987 y 1991.
El 20 de abril de 1991 se creó la Comisión de Pacificación de la Región de San Martín, impulsada por la Iglesia Católica y dirigida por el profesor Lincoln Rojas Salazar.
Documentación de los ataques sistemáticos perpetrados por Sendero Luminoso contra instituciones y miembros de la Iglesia Católica en Perú durante la década de 1980 y principios de 1990.
Tras la captura de Abimael Guzmán en Lima, el PCP Sendero Luminoso enfrentó declive en Chumbivilcas aunque mantuvo acciones esporádicas, mientras en Puno su actividad fue creciente pero sin lograr control rural.
La Conferencia Episcopal Peruana y diversos obispos expresaron posiciones encontradas sobre la pena de muerte durante el debate de la nueva constitución en junio y julio de 1993.
El 1 de octubre de 1999, Giulio Rocca, voluntario italiano en la Prelatura de Huari, fue asesinado en Jangas, cerca de Huaraz.
Comunidades enteras de Ayacucho, como Huaychao y Accomarca, se convirtieron al evangelismo debido a la ausencia de misas católicas y a las experiencias religiosas ofrecidas por las iglesias evangélicas.